«Кулацкую операцию» проводили тайно. Никому, даже осужденным, не говорили о приговоре. Приговоренных просто забирали – сначала в какую-то тюрьму, а затем – либо сажали в грузовик, либо отправляли на место расстрела. Места расстрелов строили или выбирали так, чтобы они были неприметны. Расстрелы всегда устраивали ночью и в безлюдном месте. Они происходили в звуконепроницаемых помещениях под землей, в больших зданиях, таких как гаражи, где шум покрывал звуки выстрелов, или же подальше от людского жилья, в лесу. Приговор всегда приводили в исполнение офицеры НКВД, обычно используя наган. Двое держали заключенного за руки, а палач производил выстрел в затылок, в основание черепа, а затем часто еще и «контрольный» в висок. «После приведения приговора в исполнение, – указывалось в одной из инструкций, – тела положить в яму, вырытую заранее, потом тщательно засыпать, а яму замаскировать». Когда пришла зима 1937 года и земля замерзла, ямы рыли при помощи взрывчатки. Все участники таких операций клялись не разглашать тайну. Только несколько человек принимали в них участие напрямую. Команда из двенадцати московских энкавэдистов расстреляла в 1937-м и 1938 годах 20 761 человека в Бутово, пригороде Москвы.
«Кулацкая операция» предполагала расстрелы от начала до конца; Ежов докладывал Сталину с явной гордостью, что 35 454 человека были расстреляны до 7 сентября 1937 года. Однако в течение 1937 года число приговоренных к ГУЛАГу превышало число приговоренных к расстрелу. С течением времени расстрелы стали преобладать над ссылкой. В конечном итоге, убитых за время «кулацкой операции» было приблизительно столько же, сколько и сосланных в ГУЛАГ (378 326 и 389 070 человек соответственно). Переход от ссылки к расстрелам имел практические причины: легче было убить, чем депортировать, а лагеря быстро заполнялись до предела и от многих депортированных не было никакой пользы. Одно расследование в Ленинграде привело к расстрелу (не депортации) тридцати пяти глухонемых. В Советской Украине руководитель НКВД Израиль Леплевский приказал своим офицерам расстреливать, а не ссылать стариков. В таких случаях советских граждан убивали только за то, кем они были.