Армянские войска, заняв позиции, ожидали решительных боев, когда стали поступать телеграммы нового
правительства о заключении перемирия. Эти телеграммы довольно разлагающе действовали на солдат, которые ставили под сомнение необходимость войны, если правительство идет на перемирие. Более того, подчиняясь приказам правительства, армянские войска оставляли свои выгодные позиции, в частности в Карсе, где они были хорошо укреплены и не сомневались, что смогут отразить турецкое наступление. Получив бессмысленный приказ Чхенкели об отступлении, генерал Назарбекян попытался связаться с Национальным Советом, но связь с Тифлисом была прервана. Тогда он приказал Силикяну, командиру 2-й дивизии, которая была расположена в Эчмиадзине, и начальнику крепости Карса генералу Дееву прекратить военные действия и начать переговоры о демаркационной линии. Командующий турецкими войсками на запрос армянской стороны о прекращении огня ответил, что он приказа о прекращении
огня не получал и вынужден, согласно приказу Вехиб-паши, наступать. Чтобы избежать кровопролития,
он предлагал армянским войскам отступить в сторону крепости. На следующий день командующий турецкими войсками сообщил армянам, что приказ о прекращении огня им получен, что уже назначена делегация для ведения переговоров, но что до начала переговоров армянские войска должны отойти от крепости на 2 версты. «И когда турецкие войска будут входить в город, — заявил турецкий военачальник, — армяне не должны открывать огня, в противном случае мы прибегнем к силе». Армяне с места не тронулись турки же начали общее наступление. Они пытались занять линию, соединяющую Карс с Александрополем, но были отбиты армянскими войсками. В тот же день из Тифлиса армянским
войскам поступил приказ немедленно прекратить военные действия и принять условия турецкой стороны.
Однако принятие этих условий было равносильно самоубийству. Находясь в двух верстах от крепости, армянские войска никак не смогли бы защитить город, и Карс со всем его армянским населением попал бы в руки турецких войск со всеми вытекающими отсюда последствиями. Армяне отказались подчиниться приказу, и жестокие бои начались заново. Армянские войска яростно сопротивлялись, и турецкая сторона решила еще раз прибегнуть к переговорам. Командующий турецкими войсками Кязим-бей от имени Вехиб-паши предъявил армянам следующий ультиматум:
«1. До середины дня 12 апреля сдать турецким войскам крепостные сооружения, что имеются на левом берегу реки Карс, а остальные сооружения сдать к вечеру того же дня.
из Карса в сторону Александрополя. Командир карской крепости сделал последнюю попытку не подчиниться приказу, попросив отсрочить отступление. Но турецкая сторона настояла на своем, и армянские войска 12 апреля покинули Карс вместе с 20-тысячным населением города. Став беженцами - теперь уже восточные армяне - перед тем, как покинуть свой город, сжигали собственные дома, чтобы они не достались туркам. По приказу Чхенкели в крепости остались генерал Деев, командир Арзуманян и полковник Морель, которые должны были организовать переброску имущества крепости в Тифлис. Чхенкели наивно полагал, что турки разрешат ему перебросить военное оборудование и припасы крепости в Тифлис. 12 апреля в 9 часов вечера 11-я турецкая дивизия вошла к Карс. Несмотря на то, что закавказское правительство выполнило все требования турецкой стороны, турецкая армия не прекращала военных действий, и армянская дивизия отступала Александрополю. 15 апреля армянская армия перешла
на левый берег Ахуряна, взорвав все, что оставалось на правом берегу. 17 апреля из Карса выдворили генерала Деева и его коллег, отказав им в вывозе имущества крепости. Вместе с ними город покинуло оставшееся население.