Ваша оценкаРецензии
Аноним31 августа 2024 г.Сладкоежка из кишечника :)))
Читать далееЛюблю физиков, химиков, математиков и прочих. Отдельная любовь -- биологи. Их опыты, пожалуй, самые замысловатые, не перестаю восхищаться острым умом экспериментаторов.
И у меня теперь появился любимый зверь. Вы любите котиков и большую панду? А я -- E.coli. Это не то чтобы зверь и даже не животное, но симпатичная она, сто очков вперёд даст любому котику. Таков результат книги Карла Циммера. Раньше он меня убедил, что самые симпатичные -- паразиты , но теперь я им изменил. Люблю эшерихию.Начало книги скучное. Как обычно, оно представляет собой введение для тех, кто вообще впервые слышит, что на нашей планете существует какая-никакая жизнь. Рекомендую потерпеть, дальше будет довольно интересно.
На рубеже тысячелетий я имел некоторое отношение к генетике. Помню американский учебник для студентов. Форматом, толщиной и красочностью оформления он больше всего напоминал средневековые рукописные Библии. Весила книга килограмма три. Истории, там рассказанные, тоже были вполне библейские по масштабу, и на каждой странице упоминалась E.coli.
С тех пор моё общение с генетикой ограничено научпопом. Однако ясно, что сегодня тот учебник должен весить никак не меньше 30кг. Да, наука продвинулась несказанно. Спасибо Карлу Циммеру и другим за то, что держат меня в курсе основных результатов.Штамм E.coli K-12 -- это уже практически наш домашний скот. Он живёт с человеком уже 100 лет -- в лабораториях и на фармацевтическом производстве. E.coli работает на нас не покладая жгутиков. Она "голодает и страдает, вырабатывая чуждые ей белки". С другой стороны, штамм K-12 уже так привык к нам, что вряд ли выживет в каких бы то ни было диких условиях. Пусть скажет спасибо, что мы его столько лет кормим сахарком. А вроде бы больше E.coli ничего не требуется для её бактериального счастья. (Ну ещё разве что немного азота и фосфора для синтеза ДНК и АТФ.)
Знаменитый долгий эксперимент Леви наводит на мысль, что штамм давно развалился на многочисленные ветви, хотя точно не знаю. Тот эксперимент широко известен: в двенадцати пробирках живут независимо десятки тысяч поколений E.coli, и мы ясно видим их эволюцию. Несмотря на произошедшие за несколько десятилетий разнообразные и значительные улучшения, пока в тех пробирках живёт всё ещё мой любимый зверь E.coli. Хотя жители некоторых пробирок и научились есть ацетат.В книге полно интересного. Она вызывает множество неожиданных ассоциаций. Некоторые привёл автор, другие возникли сами.
Понравилось сравнение горизонтального переноса генов с разработкой программ с открытым кодом. Каждая E.coli (а также и другая мелкая живность) может взять кусок генетического кода у соседа (родственника или полного чужака) и протестировать его в собственных условиях. Если это не привело к немедленной смерти, код можно как угодно модифицировать, затем отшлифовать естественным отбором -- и вот, пожалуйста! новая функция готова к употреблению.
И мы в лабораториях время от времени подбрасываем E.coli кое-какие гены. Не уверен, что это идёт на пользу E.coli, но нам вроде бы бывает нужно. Называется "генная инженерия". Карл Циммер рассматривает эти исследования с разных сторон, в том числе и на предмет этики и морали. Выводы можно делать какие угодно. Прямо сейчас не вполне понятно, не приведёт ли это всё к какому-нибудь биотерроризму. Думаю, и без этого не обойдётся, но некоторые бенефиты мы получаем уже сейчас. E.coli производит для нас белки, антибиотики и что-то ещё.Достойной внимания показалась и гипотеза Фортера. Это о том, как на заре земной жизни вирусы превратили Мир РНК в сегодняшний Мир ДНК. Не могу рассказать подробности, потому что слишком длинно, да и нет необходимости, поскольку рассказ можно прочитать в книге Карла Циммера, ближе к концу.
Вообще же происхождение жизни лично мне крайне интересно.Вот ещё интересный вопрос. Многие вегетарианцы не едят сыр, если он приготовлен с применением сычужного фермента. Фермент этот берётся из коровьих желудков, ну и для некоторых это некошерно и нехаляльно. Так вот, оказалось, что этот самый фермент (реннин) уже давно изготавливают для нас мои любимые звери -- E.coli.
Конечно, живут они не то чтобы счастливо, в стальных биореакторах ёмкостью по 40 кубометров, в страшной тесноте (в каждом миллилитре этих кубометров живёт по миллиарду E.coli), и трудятся они 24х7. При этом им самим этот несчастный реннин вообще ни зачем не нужен.
Это же жуткая эксплуатация, хуже чем Карл Маркс описал в "Капитале", но Гринпис почему-то молчит.
Кстати, я от всей души рад за Гринпис. Они, как видно, решили наконец, что рекламы с атаками нефтяных платформ им уже хватит, и занялись каким-никаким делом. Начали хотя бы интересоваться наукой, в том числе биологией.Реальной же неожиданностью для меня стало, что бактерии тоже могут стареть и умирать своей смертью. Прежде я думал, что они могут погибнуть только от "насильственных" причин или от болезней. Нет, и у них всё как у людей.
Некоторые непонятности и даже внутренние противоречия заметил. Например, такое.
Большое количество собственных токсинов замедляют размножение бактерии, но по какой-то не объяснённой автором причине даёт резистентность к антибиотикам. Это вредит конкретной бактерии (она вынуждена тратить ресурсы, так сказать, "на всякий случай") , но в то же время идёт на пользу популяции, если тот "всякий случай", не дай бог, грянет. Всё было бы в порядке, если бы несколькими страницами ранее автор не уверяет, что популяционный подход давно развенчан эволюционистами...
Ладно, будем считать, что это я что-то не так понял.Ну и последнее по счёту, но не важности.
Требуется Менделеев, чтобы создать умную классификацию генов и белков. Их тысячи, и у каждого имеется собственное имя, очень отдалённо намекающее на функцию. Например, что бы мог делать белок сигма-32? А ещё, по-видимому, есть и белки по имени сигма-31, сигма-30 и т.д. Вот ещё: кроме K-12, в книге упоминаются штаммы 0157:H7, CFT073, AO 34/86. Тоска полная...
Кроме удобства, хорошая классификация могла бы подвести нас к какому-то важному аспекту в понимании природы, как это сделала когда-то Периодическая таблица элементов.В целом же книга отличная. Лучше, чем та, что Карл Циммер написал про паразитов. Буду ждать, когда он напишет что-нибудь ещё более захватывающее.
15199
Аноним22 июня 2024 г.Без труда можно себе представить какое‑нибудь правительство, которое захочет сконструировать живое оружие — специальный организм для ведения биологической войны.Читать далееЗамечательно написано, в меру глубоко корректным научным языком, но вполне понятно и доступно для неспециалистов. История почти 150-ти лет научных исследований кишечной палочки, от ее обнаружения в 1885 году и до наших дней, и до сих пор этот микроб продолжает удивлять. Как много механизмов выживания, инструментов самоорганизации и противостояния негативным условиям демонстрирует эта бактерия! И как много открытий было сделано учеными в попытках разобраться как это все работает. Семейство e.coli состоит не только из безобидных бактерий, а также помощников по сквашиванию и ферментации, но и из грозных убийц, например, шигелла (дизентерия). Бактерия научилась приспосабливаться к антибиотикам, приобрела резистентность практически ко всем видам лекарств, гонка между фармкомпаниями и бактериями пока идет не в нашу пользу(. Ученые научились «разрезать» цепочку ДНК и перестраивать по своему желанию, придавая нужные свойства «новым видам», например, вырабатывать инсулин в промышленных масштабах. Ведутся любопытные разработки, в том числе в области борьбы с раком:
Тем временем Кристофер Войт с коллегами создает штаммы E. coli, которые когда‑нибудь, возможно, смогут бороться с раком. Его бактерии разыскивают в организме опухоли по низкому содержанию кислорода, и затем «впрыскивают» токсины в раковые клетки.Каких только чудес не напридумывали ученые, стараясь переделать и приспособить кишечную палочку под разные нужды, но от таких фантастических проектов становится страшно… мало ли как ими может распорядиться условный «сумасшедший профессор», или властвующий автократ. Остановить прогресс невозможно, зарегулировать правительственными "указивками" не получится, из «супер секретных закрытых лабораторий» он все равно вырвется… возможно, единственный путь – сделать «открытый код» и научное сообщество самоорганизуется и договорится? Есть ли другой путь? Этических вопросов гораздо больше, чем технических.
1587
Аноним28 сентября 2019 г.«Я Носитель теории, мне ее носить надо. В портфеле. Работа такая.» (Григорий Остер «Петька-микроб»)
Читать далееМы с самого раннего детства, со своих первых дней слышим речь. Со временем, мы учимся понимать слова, учимся говорить сами, общаемся и только потом понимаем, что речь имеет особый язык записи, имеющие структурные компоненты различной сложности. Так мы узнаем про Слово и Букву.
Если проводить аналогии, то мы с вами с первых же дней видим вокруг себя живое: медсестер, маму, свои руки… Научившись ползать и ходить, мы активно взаимодействуем с живым, дергая подозрительно спокойного домашнего питомца за хвост. И только потом мы узнаем, что у живого также есть свой язык записи – ДНК. И для изучения этого языка, ученые исследуют целый ряд существ. И если приматы – это книги, лабораторные мыши и крысы – главы, мухи дрозофиллы – предложения, то Escherichia coli (она же E. coli) – это слова лабораторных испытаний, на которых изучается алфавит ДНК. Это тот организм, который благодаря своей относительной простоте («всего» 4000+ генов) и быстротечному размножению, позволяет активно и оперативно изучать процессы рождения, передачи и сохранения жизни.
«По оценке Христоса Узуниса и его коллег из Европейского института биоинформатики в Кембридже, полный геном общего предка содержал от 1000 до 1500 генов. Но даже если Узунис прав, у последнего общего предка всех живых существ было втрое или вчетверо меньше генов, чем имеет сегодня типичный штамм E. coli.»Карл Циммер, популярный американский научный журналист и блогер, интересы которого распространяются на биологию и микробиологию, написал книгу всего лишь о маленькой бактерии, лишь об одной (и нескольких ее наиболее известных штаммах), показав на примере этой «рабочей лошадки» ученых то, как один маленький живой организм с богатой и древней родословной процессами своей жизнедеятельности может показать, какой Жизнь была, как она «работает» сейчас и, более того, какой она может стать в будущем.
Escherichia coli всем известна под более простым названием «кишечная палочка». Каждый из нас хранит в своем кишечнике (и не только) ряд ее штаммов. В основном, эта бактерия безвредна и даже полезна для организма, однако, иногда она может мутировать в опасный штамм, выделяющий вредные токсины, вызывающие тяжелые отравления. Как бы то ни было, для ученых эта бактерия полезна всегда.
«По оценкам ученых, в кишечнике одного человека может сосуществовать до тысячи видов микроорганизмов; это означает, что если составить полный список всех генов, которые можно обнаружить в организме человека, то большинство их окажется нечеловеческими.»Эта книга посвящена открытию, изучению и описанию этой бактерии. Она уникальна хотя бы тем, что является самым изученным живым организмом на земле. Ее геном практически полностью расшифрован. Изучено взаимное влияние генов и активно проводятся эксперименты в генной инженерии. Так, один из модифицированных штаммов Escherichia coli вырабатывает инсулин для 4 млн людей, страдающих от диабета. Такое маленькое, но такое значительное поле для экспериментов, как эта бактерия, дает неоценимо больше, чем просто эксперименты над ней и практическое применение их результатов. Т.к. все мы, согласно эволюционной теории, произошли от подобных E. Coli древних бактерий, то на основании ее мы можем изучать наше древнее биологическое прошлое, на ее небольшой бактериальной «схеме» мы можем изучить принципы питания, перестройки ДНК, самоограничения, защиты, размножения и прочих процессов, заложенных природой изначально и использующиеся во всех более поздних (и боле сложных) живых организмах, таких, как и мы сами. Изучая E. Coli мы изучаем себя.
Для современной микробиологии Escherichia coli – это своеобразный испытательный стенд, на котором можно не только изучать ДНК, но и создавать свои модификации. Так ученым удалось создать «светящиеся» бактерии (поищите видео на ютьюб) или бактерии, отвечающие условиям языка программирования (ЕСЛИ, ИЛИ и пр.). Более того, удалось изучить, как ведет себя бактерия, как действует, как реагирует на стресс и среду. Так одним из «чудес» бактерии является биотехническое совершенство ее жгутика. Этот жгутик выглядит настолько сложным и эффективным, что креационисты использовали его в суде в роли доказательства Разумного Замысла (про это отдельная глава в книге). В целом, все это показывает, насколько даже в таком маленьком организме все сложно устроено. Мать природа перебрала миллионы вариантов и вариаций, сформировав базовые принципы органической химии и жизни на основе ДНК и РНК. И если лабораторные опыты подтверждают, что из E. coli можно «лепить» очень многое, то это очередной раз доказывает, что и природа могла сотворить такое, а еще, это показывает насколько сложны мы сами, будучи пра-пра-миллионажды раз ее наследниками.
В этой книге много описаний биологических процессов: питание бактерии, размножение, передача ДНК, защита от вирусов, отращивание жгутика, «замораживание» бактерии с трудные времена, коллективное взаимодействие в виде бактериального ковра, смена рациона питания (расщепляемых сахаров) и пр. Все эти процессы весьма сложны и занимают в общем около трети книги. Потому, вот вам небольшой тест. Если указанная ниже типичная цитата покажется вам слишком сложной, то лучше отложите книгу на потом, а пока подготовьтесь на других материалах.
«E. coli, как правило, всегда делится почти точно посередине — и почти всегда в тот момент, когда две только что сформированные хромосомы успели разойтись в разные концы. Чтобы этот точно выверенный танец прошел без сбоев, нужна согласованная работа нескольких типов белков. Ключевой белок деления у большинства бактерий — белок FtsZ. Когда E. coli готова к делению, происходит полимеризация FtsZ, молекулы которого выстраиваются в кольцо вдоль внутренней цитоплазматической мембраны примерно посередине бактериальной клетки. Кольцо из полимеризовавшегося FtsZ — Z — кольцо — заякоривается на мембране при помощи «вспомогательных» белков и начинает постепенно сжиматься, образуя перетяжку; в результате формируются две дочерние клетки…»Ну а теперь давайте поговорим о самой E. Coli цитатами из книги.
Конечно, в первую очередь эта бактерия многое рассказала нам про гены и ДНК, их работу и влияние друг на друга, про универсальность биологических генных схем.
«Однако сами по себе гены мертвы, а их инструкции бессмысленны. Если каким‑то образом извлечь хромосому из клетки E. coli, то вне организма белки синтезироваться не будут. ДНК не сможет репродуцироваться. Эта хрупкая петелька попросту распадется. Так что познание генов живого организма — всего лишь первая ступень познания того, что для организма значит быть живым.
<…> Идея Жакоба была настолько проста и элегантна, что любому человеку, не связанному с биологией, казалась самоочевидной. Тем не менее она представляла новый подход к проблеме жизни. Гены работают не по одному, а блоками.
<…> E. coli и слон, похоже, не просто построены на базе одного и того же генетического кода. Вдобавок, они скомпонованы с использованием одних и тех же стандартных схемотехнических приемов.
<…> Объедините гены в группы, и они смогут сделать намного больше, чем сделали бы по отдельности. Объедините группы в единую систему — и получите живой организм.»В биологии часто встречается принцип «узкого горлышка», яркий тому пример единственная клетка зародыша. E. Coli устроена также, что позволяет ей легко управлять процессами и направлять их альтернативными путями (т.н. «схема бабочки»).
«И для работы Интернета, и для E. coli самое главное — центральный узел. Именно он позволяет той и другой сети работать даже при отказе каких‑то частей. Мутация, исключившая из арсенала бактерии одну из метаболических реакций, не убьет E. coli, потому что в «узле» есть и другие траектории, на которые она сможет перевести углерод. Интернет способен продолжать передачу данных даже после того, как откажет один из серверов, так же потому, что сообщения можно направить по другой траектории. Помимо всего прочего в обеих системах архитектура в виде «бабочки» помогает сберечь энергию. Если бы E. coli функционировала иначе, ей пришлось бы создавать особую цепочку ферментов для производства любой молекулы. Для каждого из этих ферментов.»Почему E. Coli так полезна для кишечника:
«Не исключено, что, питаясь отходами, E. coli оказывает ответную услугу тем, кто ее этими отходами обеспечивает. Данные некоторых исследований позволяют предположить, что утилизация простых сахаров, которой занимается кишечная палочка, позволяет другим микробам быстрее расщеплять молекулы сложных сахаров. Кроме того, E. coli продолжает улавливать кислород — то небольшое его количество, которое время от времени накапливается в кишечнике. Удерживая содержание кислорода на стабильно низком уровне, E. coli обеспечивает большинству представителей нормальной микрофлоры комфортные условия. Именно эту экологическую нишу колонии E. coli занимают в организме хозяина в течение всей его дальнейшей жизни. В любой момент в кишечнике человека можно обнаружить до 30 штаммов этой бактерии. Люди, полностью свободные от E. coli, встречаются очень редко.»Благодаря быстрому размножению и росту E. Coli можно изучать эволюцию буквально на ладони:
«Групповой отбор возможен, утверждал Гамильтон, но лишь в том случае, если в качестве группы рассматривать расширенную семью.
Для популяции в целом не имеет значения, какая именно особь выживет, — важно лишь, чтобы их общие гены продолжали передаваться новым поколениям.»E. Coli умеет не стареть, что могло бы пригодиться и нам:
«Десятки лет непрерывных наблюдений за E. coli убедили ученых в том, что смерть — вовсе не неизбежность. В благоприятных условиях E. coli способна вечно оставаться молодой. В этом заключалось по крайней мере одно фундаментальное отличие E. coli от человека.»О старении и конкуренции клеток организма:
«Когда из оплодотворенной человеческой яйцеклетки начинает развиваться зародыш, в нем очень скоро выделяются два типа клеток: клетки, которые в принципе способны дать начало новому человеку (яйцеклетки и сперматозоиды), и все остальные. Мы тратим огромное количество энергии на защиту яйцеклеток и сперматозоидов от разрушительного действия времени и гораздо меньше на защиту остальных клеток нашего тела. Этот бессознательный выбор позволяет нашим отпрыскам продолжать жить после нашей смерти. И человек, и E. coli за привилегию прожить жизнь должны расплатиться смертью.»Даже отказавшись от генной инженерии мы все равно бы искусственно меняли бы E. Coli и причина тому банальна:
«Бактерии, населяющие наши внутренности сегодня, не идентичны тем, что обитали в человеческом кишечнике в 1920 г. И причина значительной части происшедших с кишечной палочкой изменений — мы сами. Самый очевидный способ, при помощи которого мы заставили E. coli измениться, заключается в том, что мы стали бороться с инфекциями при помощи лекарств.»Возможно, именно так зарождались принципы нашего иммунитета:
«У E. coli много способов борьбы с антибиотиками. Так, Флори и Чейн обнаружили, что в ее арсенале имеются секретные ферменты, способные резать пенициллин на безвредные фрагменты. В других случаях белковые молекулы E. coli изменяют форму, так что антибиотикам становится трудно связываться с ними. Бывает и так, что E. coli при помощи особых насосов избавляется от антибиотиков, выбрасывает их из себя. Для каждого волшебного снаряда, который наука припасла для E. coli, бактерия придумала не менее волшебную броню.»Резистенция во плоти или способы мутации E.coli:
«Известно, что E. coli исправляет поврежденную ДНК при помощи ферментов ДНК — полимераз. Бактерия синтезирует два вида ДНК — полимераз: один из них производит исправление (репарацию) молекулы с высокой точностью, а другой — с низкой. Как правило, необходимым исправлением молекул ДНК занимается высокоточная ДНК — полимераза; при этом гены, отвечающие за производство ДНК — полимеразы низкой точности, блокированы белком, получившим название LexA. Но когда E. coli попадает в критическую ситуацию, все меняется. Если выясняется, что бактерия перегружена большим количеством поврежденной ДНК, LexA освобождает гены ДНК- полимеразы низкой точности, и та тоже принимает участие в репарации ДНК E. coli. Однако работу она делает менее аккуратно и точно, оставляя после себя большее количество мутаций.
<…> Может быть, в моменты стресса E. coli просто не может позволить себе роскоши тщательной и точной репарации ДНК. Вместо этого она обращается к ДНК — полимеразам низкой точности. Работают они, конечно, весьма небрежно, но зато E. coli укладывается в энергетическую смету. На самом деле естественный отбор, предполагает Тенайон, благоприятствует вовсе не высокой частоте мутаций, а просто возможности энергетически менее затратного исправления ДНК.»Передача резистентности (вирусы, как горизонтальная эволюция):
«Западные ученые были поражены. Они поставили собственные эксперименты и убедились, что Цутомо Ватанабэ совершил крупное открытие. Оказывается, гены способны курсировать между бактериями, причем не одним способом. Некоторые из них переносятся с места на место плазмидами; в перемещении других принимают участие вирусы. Вирусы случайно встраивают в свой геном гены хозяина, а затем переносят их в нового хозяина, которого инфицируют. Иногда бактерии попросту целиком «заглатывают» ДНК, высвободившуюся в момент гибели другой бактерии. Так получается, что гены резистентности могут передаваться не только между особями одного вида, но и между разными видами микроорганизмов.
<…> Сегодня мы знаем, что горизонтальный перенос генов — отнюдь не тоненький часто пересыхающий ручеек ДНК. Это настоящий поток. И сегодняшний облик E. coli — во многом его заслуга.»Злодеи рождают добряков, а добряки – злодеев:
«Эволюция E. coli — это не дорога в один конец, на которой безвредная бактерия неизбежно превращается в смертельно опасного паразита. Некоторые из самых смирных штаммов E. coli, наоборот, произошли от ее патогенных разновидностей. Один из таких штаммов — АО 34/86 — защищает хозяина от бактерий, вызывающих диарею. Врачи иногда прописывают его недоношенным детям, чтобы защитить их недоразвитый кишечник. В 2005 г. ученые опубликовали расшифровку генома штамма АО 34/86. Они обнаружили гены, отвечающие за синтез убивающих клетку факторов, белков, вызывающих кровотечения, и других видов оружия, которые активно используют 0157: Н7 и прочие смертельно опасные штаммы. Судя по всему, АО 34/86 использует все свои темные возможности нам во благо: он основывает колонии в кишечнике младенца и таким образом лишает болезнетворные штаммы возможности найти место для поселения. Мы, конечно, можем попытаться разграничить природное разнообразие и четко разделить E. coli на убийц и защитников. Но эволюция не склонна к однозначности и всегда размывает границы.»ДНК вирусов в нашем ДНК:
«Со временем вирусы мутируют и постепенно теряют способность покидать клетку — хозяина. А многие из них теряют и большинство своих генов. Остаются только инструкции по синтезу копий ДНК вируса и по встраиванию этой ДНК обратно в геном хозяина. В настоящий момент такие геномные паразиты составляют около 8 % человеческого генома. Недавние исследования позволяют предположить, что хозяину иногда удается обуздывать геномных паразитов и заставлять их работать на себя. В геноме человека немало важных генов, которые, отвечая за столь разные процессы, как, например, производство антител и образование плаценты, вероятно, развились из генов, когда‑то принадлежавших вирусам. Мы не выжили бы без вирусов — резидентов.»
Вирус-бактериофаг атакует E. ColiНа уровне микроорганизмов Древо Жизни превращается в Паутину:
«При реконструкции древа жизни ученые сравнивают ДНК разных видов и получают наиболее вероятную схему взаимного расположения эволюционных ветвей, при котором могли возникнуть соответствующие различия. Генетический маркер, присутствующий у двух биологических видов и отсутствующий у всех остальных, может означать, что эти виды находятся в близком родстве. Но вся система генетических маркеров имеет смысл лишь в том случае, если гены живых организмов передаются ими только по наследству, от поколения к поколению. Ген, свободно переходящий от одного вида к другому, может создать иллюзию родства там, где на самом деле никакого родства нет.
<…> Как большинство научных дискуссий в биологии, спор «Дерево или паутина?» не имеет однозначного, единственно верного решения. Сторонники паутинной теории, такие как Дулиттл, не отрицают, что организмы связывает друг с другом более или менее близкое общее происхождение. Они просто считают, что поиски истинного древа жизни путем сравнения генов ни к чему не приведут.»О Разумном Замысле:
«Тот факт, что E. coli и созданная человеком сеть в некоторых отношениях поразительно похожи, вовсе не означает, что микроорганизмы появились в результате разумного замысла. На самом деле факт сходства означает, что конструкторская мысль человека намного менее разумна, чем мы привыкли полагать. Наши лучшие изобретения возникают не в результате величественного полета к сияющим вершинам мысли, а в результате медленного близорукого перебора бесконечных вариантов.»Компьютер из E. coli? Почему бы и нет!
«В декабре 2010 г. группа Кристофера Войта объявила о создании E. coli, способной «выполнить» на генетическом уровне логическую функцию NOR («не — или»), и о возможности соединения колоний E. coli в различные пространственные конфигурации, выполняющие другие стандартные логические операции. В октябре 2012 г. они получили клетку E. coli, способную не только выполнить логическую операцию AND («и»), но и «обработать» четыре разных химических входных сигнала и «выдать сообщение» в том и только в том случае, если на все четыре входа подана «логическая единица».В книге Циммер рассматривает также и этическую сторону вопроса вмешательства человека в дела природы. Но проанализировав ситуацию, приходит к следующему выводу:
«Пожалуй, незапланированное, случайное воздействие человека на E. coli должно вызывать у нас куда большие опасения, чем разведенные в лаборатории «монстры».
<…> Сегодня для многих консервативно настроенных людей угроза биотехнологий — угроза скорее природе человека, нежели природе вообще.»
*Секс E. Coli
***
У Карла Циммера вышла довольно сложная, но очень показательная и увлекательная книга, которая многоголосо заявляет о том, что если даже в одном виде бактерий E. coli скрыты почти все основные принципы органической жизни во всей своей сложности, то все живое на Земле - едино. E. coli - наше биологическое зеркало.МОЕ МНЕНИЕ ОБ ИЗДАНИИ:
Неожиданно качественное издание, несмотря на мягкий переплет. Тонкая белая бумага с отличным качеством печати и переплетом, позволяющим смело открывать книгу полным разворотом. В книгах «покет-серии» содержатся все комментарии, иллюстрации и ссылки, которые присутствуют и в полноразмерных версиях этого же издательства.
Формат карманный (120x165 мм), мягкий переплет, без суперобложки, 466 страниц.
Достоинства издания: хорошее качество печати, белая бумага, наличие колонтитулов, подробное содержание, библиография, предметно-именной указатель, информация об авторе, поясняющие схемы.
Недостатки издания: в книге совсем мало иллюстраций и несколько схем. Она стала бы намного интереснее, если бы E. Coli в ней была показана в своей естественной среде обитания, а также схематично была показана ее структура, как в учебниках по биологии.ПОТЕРЯЛ БЫ Я ЧТО-НИБУДЬ, ЕСЛИ БЫ ЕЕ НЕ ЧИТАЛ:
Больше да, чем нет. К сожалению книга про «узкое место» и автор не смог не увлечься и обойти довольно специфические описания биологических процессов, поэтому, эта книга довольно тяжела для прочтения. Тем не менее в ней содержаться интересные идеи и теории, показывающие связь человека с его далеким бактериальным биологическим прошлым.КОМУ ПОРЕКОМЕНДОВАЛ БЫ:
Тем, кто довольно-таки подкован на момент прочтения в нон-фикшн литературе по биологии и кому при этом интересны процессы в живых организмах на уровне бактерии, тем, кому интересно, что общего между человеком и бактерией, живущей в том числе и в нем самом.ВИДЕО В ТЕМУ: Поскольку в книге есть только одно изображение бактерии E. Coli, и то в колонии, уместно добавить видео с микроскопа, позволяющее увидеть бактерию в ее естественной среде (зум: 1500х).
02:24
8681
Аноним12 мая 2024 г.Читать далееКарл Циммер для меня - отличный пример научного журналиста. Навскидку я даже и не скажу, кто еще из не-биологов умеет так увлеченно (и увлекательно) писать про биологию. Отличная книга про вирусы, великолепные - про паразитов и про наследственность, и вот теперь я дошла до кишечной палочки)
Уж казалось бы, E.coli изучают больше века, ну что нового можно о ней написать? Да и сама я мимо не прошла - именно на ней я делала свою дипломную работу, и гены ей химерные шила, и чужими генами пичкала... Но и для меня тут оказалось достаточно нового и интересного.
Для людей, с работающих с этой бактерией, ну и для медиков еще - тут будет, конечно, довольно много известных фактов, но книгу это совсем не портит. Если вы прямо не отслеживаете все последние новости, связанные с эшерихиями - наверняка найдете, как и я, достаточно новой информации (даже с учетом, что книга была выпущена у нас десять лет назад). А уж если читатель совсем не смотрел в эту сторону - то посмотреть, на мой взгляд, будет интересно.
Здесь и история ее (E.coli) открытия, и ее участие в битвах креационистов с эволюционистами, и устройство ее генома (и его эволюция), и, так сказать, повседневная жизнь различных штаммов кишечной палочки, и ее вклад в развитие науки и биотехнологий (включая синтетическую биологию).
В очередной раз браво автору.775
Аноним22 августа 2019 г.Читать далееВ очередной раз сталкиваюсь с тем, что очень сложно хорошо оценивать неплохие научно-популярные книги, если ты их перечитал уже множество и чётко понимаешь разницу между хорошей и феерически прекрасной. И хочется тебе, естественно, только вторых, а разочарование каждый раз весьма велико. Тем не менее, книга Карла Циммера действительно неплохая, а для неподготовленных читателей, думаю, даже очень хороша. Автор приводит множество фактов из истории биологии, так или иначе связанных с изучением кишечной палочки (что иногда притянуто за уши, ну да ладно). Биология у него в основном получается американской, а русские роняют всякое на Марс, но, опять же, не будем сильно придираться. Несколько смущает также общий библиографический список, ко всей книге сразу - весьма внушительный, но почему-то не пронумерованный, а самое главное, непонятно как соотносящийся с прочитанным текстом. Тут сделаем вид, что список этот не очень въедливому читателю всё равно не нужен, а главное, чтобы текст был хороший. Так, собственно, и есть, он не перегружен информацией, написан достаточно внятно и доступно, некоторые рассуждения автора весьма интересны. Но как же много в этом тексте воды! Одно и то же повторяется неоднократно, без всяких ссылок на то, что это уже было рассмотрено выше (иногда буквально в предыдущем параграфе). Периодически складывалось ощущение, что все параграфы были написаны отдельно, а потом сложены в книгу, и потому во многих объяснение начинается опять с нуля. Меня это бессмысленное переливание слов из пустого в порожнее очень раздражало, хотя, возможно, для тех, кто не в теме, такой приём будет весьма эффективным способом запомнить новую информацию.
Обобщая все мои впечатления, придётся признать, что я, видимо, не отношусь к целевой аудитории данной книги. Я люблю научно-популярные книги, в которых много-много описаний конкретных исследований и мало рассуждений около. Эта книга не такая. Однако я вполне могу понять, что для неподготовленного читателя описанные мною недостатки вполне могут превратиться в плюсы.7457
Аноним9 июля 2015 г.Читать далееЗахотелось почитать про микробиолгию...
А как иначе, если есть постоянная жажда хоть как-то понять "тайны жизни".
Книг на эту тему немало.
И чисто "обложечно-заголовочным" подходом выбор пал на эту.Хорошая книга. Хороший язык. Хорошая структура. Хорошая сложность (не нужно спец подготовки, но и не популизм). Хорошее бумажное издание.
Сказать много есть чего..
Но книга такая цельная. И так интересно и четко подчинена центральной идее, что и добавить нечего.Центральная идея - это рассказ о бактерии E. coli.
О постепенном понимании жизни человечеством. О том как эта бактерия стала самым изученым организмом в истории. О проблемах (надуманых и настоящих) генной инженерии. О том как много и мало мы знаем. О том как удивительна жизнь. О том как она совершенна и неуклюжа одновременно.
Проблема одна. Хочется ещё. Нет желания "отпускать", ставшего любимым, главного героя. Так и подбивает узнать "как там дела у E. coli сейчас?"7489
Аноним31 августа 2016 г.Офигенная книга. Очень рекомендую тем, кто касался биологии последний раз еще в школе. Написано просто, доступно, захватывающе, клёви, мжвячне.
Но есть одна проблема. Хочется еще.
4428- Аноним11 января 2017 г.Читать далее
В октябре 2004 года Дуврский школьный округ изменил учебные планы по биологии, введя в них концепцию «Разумного замысла» как альтернативу теории эволюции. Два месяца спустя одиннадцать родителей подали в суд. Их адвокаты попытались доказать, что текст заявления нарушает первую поправку к конституции, поскольку представляет собой запрещенную ею попытку навязывания определенной религии. И однажды осенним днем судебный процесс начался.
Майкл Бехе, защитник теории креационизма (так назвали свою концепцию противники Дарвина), в качестве основного аргумента в своей защите использовал… бактерию E. Coli (кишечная палочка). На протяжении нескольких недель Майкл приводил на проекторе различные слайды и с упоением рассказывал об устройстве этого микроба. После очередной лекции об одной из сторон жизни бактерии следовал неизменный вердикт – слепая рука эволюции не могла сотворить столь сложный и гармоничный организм. А это в свою очередь приводило к идее о существовании некой разумной созидающей силы или попросту Бога.
Креационисты этот процесс проиграли – суд посчитал их доказательства не убедительными. И все же читая книгу Карла Циммера, описывающую жизнь простейших организмов, невольно задаешься вопросом: «Неужели жизнь и правда могла зародиться сама собой и достичь такой сложности и такого совершенства лишь путем естественного отбора?».
E. coli способна убегать от опасности (токсинов) либо двигаться на встречу к питательной среде. Перемещаться в нужном направлении она способна не смотря на то, что не обладает мозгом, который принимает решения и нервной системой, способной донести управляющих сигнал к органам отвечающим за движение.
У E. coli есть потрясающий по сложности и изяществу устройства жгутик – хвостик с моторчиком, работающий на протонах.
E. coli, в отличии от нас, не рождается в неком финальном варианте, который ей придала эволюция. Весь отведенный ей срок она способна меняться. Она умеет перепрограммировать свои системы, приспосабливаясь к чему угодно – от кислого желудочного сока до холодных сибирских зим. Это как если бы у нас появлялись крылья, когда мы подошли к обрыву, который нужно преодолеть, и жабры и плавники, если бы мы оказались у океана.
При наличии стресса E. coli начинает растить жгутик. Если стресс исчезает, бактерия перестает тратить энергию на постройку не нужного ей агрегата и разбирает начатую стройку. При этом схема управления строительством не прямолинейная и защищена от ложного срабатывания при кратковременных сигналах из внешней среды.
Оказывается бактерии социальны. При определенных условиях они способны объединяться в группы сцепляясь между собой жгутиками. В других условиях они сообща строят целые города (из биопленки) защищающие их от агрессивной внешней среды.
Бактерии могут быть настолько социальны, что способны жертвовать собой ради блага своей группы. При нехватке пищи некоторые бактерии начинают вырабатывать внутри себя токсин колицин. Затем они взрываются уничтожая группы конкурирующих бактерий. Своя группа остается неуязвимой, так как имеет антидот.
Бактерии способны заниматься сексом. Мы все знаем, что простейшие размножаются делением. И геном «детей» в точности соответствует геному «родителей». Если группа бактерий приобрела некое полезное свойство (противостояние антибиотику А), а другая группа приобрела другое полезное свойство (противостояние антибиотику Б), то, казалось бы, эти две группы, объединившись, никак не смогут вывести потомков обладающих обоими полезными свойствами. Ан, нет! Есть бактерии «мальчики», бактерии «девочки». И первые могут выстреливать особыми жгутиками, цепляться ими за «девочек» подтягивать их к себе и впрыскивать им свой генетический материал. Это один из способов так называемого «горизонтального переноса генов».
А есть другой способ горизонтального переноса гена. Как пчелки опыляют цветы, так и вирусы способны переносить гены от одной бактерии к другой.
Не смотря на то, что геном у колонии бактерий идентичен. Ведут они себя в стрессовой ситуации по-разному. Если вспомнить пример с жгутиком, при появлении стресса часть бактерий начнут растить жгутик довольно быстро. Часть лишь спустя какое-то время. А часть лишь когда станет уже совсем «горячо». Будущее предсказать невозможно. И в одной ситуации выживут бактерии успевшие отрастить жгутик. В иной бактерии «решившие» не тратить на это энергию. Подобное разнообразие способствует выживанию колонии.Напоследок скажу пару слов об авторе этой замечательной книги. Карл Циммер – научно-популярный писатель и блоггер. На данный момент его библиография насчитывает около десятка книг посвященных эволюции, паразитам и микробиологии. Карл не раз выступал с замечательными лекциями на TED Talks (можно найти на YouTube). Он выиграл множество наград за широкое освещение биологии и эволюции и газетах, журналах и своем блоге.
Его сайт: https://www.carlzimmer.com/
Его блог на Нэшнл Джеографик: https://phenomena.nationalgeographic.com/blog/the-loom/
Продолжать этот список удивительных фактов из жизни микромира можно очень долго.3575
