Американский теолог и религиовед Роберт Прайс указывает на гностические корни в образе Азатота и истолковывает «Тень над Иннсмутом» как ритуал посвящения.
Повесть Брайана Ламли «Порча» является продолжением «Тени над Иннсмутом» и рассказывает о том, что произошло в Иннсмуте после правительственной операции.
До 6 ноября 2005 года столицей Мьянмы (Бирмы) был город Янгон, основанный на месте монского поселения Дагон, возникновение которого датируется около 500 н. э. Это была небольшая рыбацкая деревня вокруг пагоды Шведагон. Шве, на местном языке означает золотой.
Имя Дагон так же встречается в западносемитской мифологии.
Многое из этой повести легло в сюжетную линию компьютерной игры Call of Cthulhu: Dark Corners of the Earth (2005).
Именно на эту повесть группа Metallica написала песню The Thing That Should Not Be.
Группа Король и шут также написала песню на эту повесть. Песня называется Дагон и входит в альбом Тень Клоуна.
В компьютерной игре The Elder Scrolls IV: Oblivion квест "Тень над Хакдиртом" (англ. "A Shadow over Hackdirt") является явной отсылкой к повести.

Повесть начинается рассказом одного мужчины о массовых полицейских арестах в портовом городке Инсмут на протяжении зимы 1927/28 годов. Основной причиной арестов, как признаётся сам рассказчик, стало его прошение к властям разобраться в ужасных вещах, происходивших в городке, свидетелем которых он стал. Такие призывы, подкреплённые практически невероятными рассказами, произвели сильное воздействие на правительство, что послужило причиной для столь масштабного расследования.

Далее рассказчик признаётся, что долгое время не открывал этой тайны ни одному простому человеку, но сейчас, когда ему предстоит сделать очень важный и ужасающий шаг, он должен собраться с силами и заново переосмыслить всё пережитое.

Повесть переносит читателя на несколько лет назад, когда ещё только недавно достигший совершеннолетия рассказчик путешествовал по фамильным местам своего рода в Новой Англии. Во время пребывания в одном из городов он узнал о неком таинственном городе Инсмут. Якобы когда-то это был процветающий морской порт, но после окончания Гражданской войны стал приходить в упадок. К тому же в соседних городках стали распространяться слухи о каких-то невероятных происшествиях, случавшихся в городе и на Рифе Дьявола, находящемся возле самого порта.

Эта история сильно заинтриговала рассказчика, и он решил отправиться в Инсмут и пробыть там до вечера, предварительно разузнав как можно больше о городке. Но из расспросов местных жителей он почти ничего не узнал. Проведя много времени в библиотеке, он также не нашёл нужных сведений, но волею случая познакомился с местным клерком, который рекомендовал ему посетить городской музей, но в то же время предостерёг рассказчика от поездки в Инсмут. В музее молодому человеку попался на глаза некий непонятный экспонат — украшение для ношения на голове, сделанное, предположительно, Инсмутскими мастерами. Рассказчика больше всего удивила необычная форма, малоподходящая для человеческой головы, и выгравированные непонятные существа, чем-то напоминающие помесь рыбы с жабой.

Следующим утром, попав в Инсмут, молодой человек самолично убедился в причинах негативного отношения людей к жителям Инсмута и возможных причинах появления устрашающих слухов об этом месте. Большинство людей, проживающих в этом городишке, совершенно не похожи на обычных людей, причём речь не идет о какой-либо расовой несхожести — отличия их внешнего вида больше смахивают на какую-то неизвестную науке болезнь, поражающую всех жителей. В близлежащих городках это называют «инсмутской внешностью».

В городе рассказчик познакомился с продавцом в бакалейной лавке, который был не коренным жителем Инсмута, а всего лишь работником одной торговой фирмы. От бакалейщика рассказчик узнал об очень больших странностях этого города: здесь очень не любят приезжих, о отсутствии каких-либо религиозных организаций, кроме Тайного ордена Дагона, служители которого совершают различные жертвоприношения два раза в год и регулярно поклоняются неизвестным богам. Также бакалейщик упомянул о вечном пьянице, 96-летнем Зейдоке Аллене, который, напившись, готов был рассказать первому встречному всё, что он знал об Инсмуте.

Немного побродив по городку, рассказчик-таки встретил Зейдока, который после выпитого виски стал очень разговорчивым. Во время беседы старик поведал одну историю, в которую молодой человек сразу не поверил.

Один из знатных жителей города, капитан Обед Марш, во время одного из своих тихоокеанских плаваний обнаружил полинезийский остров, жители которого никогда не испытывали недостатка ни в рыбе, ни в золоте. Капитан установил торговые отношения с племенем, выкупая золото за бесценок, однако через некоторое время островитяне были истреблены соседними племенами. Тогда капитан Марш решил узнать секрет былого процветания острова. Секрет оказался в сношениях племени с Глубоководными, бессмертными разумными амфибиями. В обмен на человеческие жертвы и возможность спаривания с людьми Глубоководные пригоняли рыбу и приносили золото. Также дети людей, спарившихся с Глубоководными, в определенный период своей жизни начинали превращаться в таких же существ, уходили в море и становились бессмертными. В 1838 году капитан Обед Марш нашёл способ заключить с Глубоководными сделку на тех же условиях (или, возможно, Глубоководные сами потребовали этого). С тех пор в сетях инсмутских рыбаков рыба не переводилась никогда, даже если в соседних районах её не было вовсе. Для поклонения Глубоководным капитан основал «Тайный орден Дагона», маскирующийся под местную масонскую ложу.

Внезапно повествование оборвалось криком Зейдока «ОНИ нас заметили», после чего он, указывая на Риф Дьявола, сорвался с места и убежал прочь. Рассказчик же, обратив свой взор на риф, заметил там некие солнечные отблески, после чего направился в центр города в надежде уехать из Инсмута вечерним автобусом. Но, со слов водителя, у автобуса был поломан двигатель, а починить его не представлялось возможным раньше утра. Поэтому молодой человек решил остаться на ночь в гостинице весьма сомнительной репутации, а утром как можно скорее уехать из города.

Поужинав в ресторане и прикупив несколько газет у портье, молодой человек отправился к себе в комнату. Перед сном он подпёр все двери, ведущие в его комнату, балками, и лёг спать.

Через некоторое время молодой человек проснулся от скрипа половиц — к его двери подошёл кто-то неизвестный и попытался открыть дверь ключом, но балка не дала ему зайти в комнату, поэтому он ушёл. Вскоре скрип повторился — большое количество непонятных существ окружило комнату. Герой предпринял попытку к бегству, выпрыгнув через окно, и с большим трудом ему удалось оторваться от преследователей и выбежать за черту города.

Пробегая возле дороги, рассказчик неожиданно услышал шум бегущей толпы и почувствовал какой-то непонятный рыбий запах. Он спрятался за кустами, боясь открыть глаза, чтобы не взглянуть на тех существ. Всё же сделав это, он увидел тех полурыб-полулягушек, которые были изображены в городском музее. Они передвигались прыжками, некоторые использовали для этого руки. Часть из них была одета в тёмные монашеские сутаны, и некоторые носили на головах уже знакомые странные украшения. Не выдержав напряжения, рассказчик упал в обморок.

Пришёл в сознание он лишь утром, и, что удивительно, никаких следов вчерашнего ужаса даже не осталось. Молодой человек продолжил путь в город, куда добрался к вечеру.

Весь следующий год молодой человек пытался забыть увиденное, и с головой погрузился в учебу на последнем курсе университета, после окончания которого поехал в семью своей умершей бабки по материнской линии. Но ему не терпелось узнать как можно больше о прошлом своей матери.

Как-то раз дед изъявил желание показать внуку семейные ценности и отвёл его в специальное банковское хранилище. Перед тем как показывать вещи бабки, он предупредил, что они несколько странные, но рассказчик всё равно попросил его сделать это. Дед извлек из коробки некоторые вещи непонятной формы, среди которой было и то непонятное украшение, которое он видел в музее и на одном из тех существ. Данный факт настолько поверг его в шок, что молодой человек упал в обморок. На портрете же бабки отчетливо просматривались черты «инсмутской внешности»…

Теперь он точно знал, куда делась его бабка, почему покончил с жизнью его дядя. Он понял, что является прапраправнуком капитана Обеда Марша и что в его жилах течет кровь Глубоководных.

Через некоторое время он и вправду стал меняться физически, будто некая болезнь поражала его: «инсмутские черты» все ясней и ясней проступали на его лице; странные сны о подводном мире стали посещать его; морские глубины начали влечь — все сильней и сильней. Со временем эти изменения перестали пугать его. Теперь он точно знал, что близок тот день, когда он станет одним из НИХ — бессмертных существ, которые в скором времени станут править миром.

Повесть заканчивается тем, что он решает вызволить своего двоюродного брата, помещенного в психиатрическую лечебницу, и убежать с ним вместе в океан к своей бабушке.