Одним из главных пунктов расхождения между сторонниками Реформации и Католической Церковью и причиной выступления Мартина Лютера было учение об индульгенциях. Суть его в следующем. По учению Католической Церкви, существует так называемая «сокровищница Церкви» (thesaurus ecclesiae) — некая сумма благодати, образовавшаяся за счет «сверхдолжных заслуг»: Христос, святые, вообще многие добродетельные люди совершили добрых дел более, нежели это необходимо для спасения (Христос вообще безгрешен), и все «излишки» поступают в указанную «сокровищницу». Именно оттуда Церковь черпает благодать, необходимую для искупления грехов (кроме смертных) человека, в этих грехах раскаивающегося.
Еще с раннего Средневековья, под влиянием казуистики римского права (многие его положения вошли в право каноническое) и варварских судебников распространяется мнение о том, что для искупления каждого конкретного греха требуется строго отмеренное количество благодати, которое можно и нужно исчислить. Переданное Церковью грешнику количество благодати требуется возместить, то есть грешник «в счет погашения долга» обязан свершить определенное, опять же строго отмеренное, количество добрых дел: дополнительный пост, четко фиксированное число молитв, иные аскетические упражнения, паломничество, милостыню, дары Церкви и т. п. Эти добрые дела различны для различных грехов и могут заменять друг друга (например, вместо поста или паломничества выкуп пленного или вклад в монастырь). В ряде случаев (особенно с XII в.) эти дела могут свершать близкие грешника, если он умер и не может свершить их сам, — тогда душа его не задержится надолго в чистилище. Милостыня могла пониматься как единовременный денежный взнос в пользу Церкви.
С развитием денежного хозяйства эти денежные взносы все более вытесняли иные формы покаяния (но никогда полностью). С ХIII в. распространяется обычай выдачи письменных свидетельств об отпущении грехов — индульгенций (от лат. indulgentia — «прощение», «отпущение грехов»), причем эти свидетельства могли выдаваться, как бы мы сказали сейчас, «на предъявителя», то есть допускалась индульгенция не конкретному лицу, а любому, приобретшему ее. Право выдачи таких индульгенций (именно такие свидетельства «на предъявителя» и стали называться индульгенциями в техническом смысле) с XIV в. принадлежало исключительно Папам и их уполномоченным. Приобретение индульгенции за определенную фиксированную плату освобождало от определенного же греха (формально требовалось также внутреннее раскаяние, но на это мало обращали внимания).
Индульгенция могла покупаться и «авансом», в качестве своеобразной «предоплаты», то есть еще до совершения греха. В условиях складывающейся рыночной экономики индульгенции начинают играть роль ценных бумаг: их дарят, завещают, закладывают и т. п. Подобная практика вызывала возмущение у людей с чуткой совестью, воспринималась как торговля благодатью, как святотатство. Однако четкие теологические возражения против такой практики выдвинул только Лютер в своих «95 тезисах» в 1517 г. (поэтому этот год и считается началом Реформации). По его учению, индульгенции не только и не столько безнравственны, сколько бесполезны. Человек искуплен раз и навсегда Крестной смертью Христа в акте бескорыстной любви Господа к людям. Никаких «сверхдолжных заслуг» попросту не существует. Человек спасается только верой, все добрые дела — аскетические подвиги, заказные мессы, паломничества, милостыня, дары Церкви, а значит, и индульгенции — бессмысленны.