とある事情による一週の休載あけ、万事屋に出社した新八を待っていたのは、2年の月日が経過した世界だった。銀時、神楽をはじめ、あらゆる人や状況が変貌をとげて!? 他にも将軍とプールとかカニ争奪戦とか。
宇宙海賊春雨と盟約を結び暗躍する鬼兵隊を率いる高杉と、春雨最強部隊・第七師団を率いる神威。春雨に危険視される2人が接触し!? 他にもあの仙人とか近藤のデートとか九兵衛と猿とか葬式とか猿飛の眼鏡とか。
次郎長とその娘・平子、さらに華陀、西郷がそれぞれの思惑をぶつけ合う中、銀時たちも大切な場所を護る為、四天王らと戦う覚悟を決める。そして町中が鳴動する全面戦争が勃発。その時、奮闘する万事屋に援軍が!?
銀さんの舎弟に志願してきた、ある娘（カバー表面）。彼女の出現が、かぶき町四大勢力の脆い均衡を壊し町は戦乱の渦に！ そしてお登勢の身に危機が!? 他にも年賀状とかチョコとか恋する女とか山崎のあんパンとか
長年、江戸を守護してきた陰陽師界の双璧、結野家と巳厘野家。両家の深い因縁から勃発し、結野アナを苦しめる「お天気戦争」に決戦の時が！ 丸腰状態の万事家も、唯一の味方・外道丸を従え参戦して!? あとサンタの話も！
猫の祟りで銀さんが猫化！ 折しもかぶき町で施行中の「野良猫捕獲計画」という名ばかりの陰謀に、銀さん（＆野良猫・桂＆野ゴリラ・近藤）が巻き込まれ…!? 他にもマダオ観察日記とか結野アナの知られざる…とか。
約4年ぶりに行われたキャラクター人気投票。その結果を不服とし順位を覆そうと暴挙に出るキャラが!? 更にその動きは拡大し作者を巻き込む大騒乱に！ 他にも蜂の巣駆除とか沖田の侍魂とかラジオ体操とか。
ある歪んだ思惑から月詠に接近したかつての師匠・地雷亜。弟子を裏切る非道な師に、銀時が怒りの刃で立ち向かう。だが地雷亜の強さは想像を絶し……!? 他にもあの女の酒グセとか、歯医者でドリられたりとか。
機械家政婦たまに寄生した電脳ウィルスを退治するため、たまの体内へ潜入した万事屋。だがそこにはウィルス軍と戦うもう1人の銀さん（カバー表面）が…!? 他にも真選組の取り調べとか、吉原でまた一波乱とか!!
妖刀の呪いによって土方の中に生まれたオタク人格、トッシーが再び登場！ 寺門通公式ファンクラブの座を懸け、なんやかんやで親衛隊と対決することになり…。他にも屋台でのグチとか新種ウィルス蔓延とか!!
銀さんが散髪へ。だが仕事に身が入らない店主から逆に店番を頼まれた万事屋。そこに将軍がご来店で…髷をアレしちゃって!? 他にも土方と沖田の死のゲームとか長谷川の部屋探しとか神楽の眠れない夜とか!!
血で血を洗う夜兎同士の闘いの中、絶望的な状況に追い詰められた神楽に異変が…!? 一方、銀時と夜王鳳仙も闘いを開始。その圧倒的な力の差に銀時が窮地に!? 晴太と日輪、常夜の街の運命は!? 吉原炎上編、終結!!
銀さんの財布をスッた少年。吉原一番の花魁を買うつもりだと話す少年の真意とは!? 悲運に翻弄される母子の為に一肌脱ぐ万事屋。だが事は、吉原を統べる“夜王”を敵に回す大騒乱に。暗雲漂う吉原に神楽因縁の人物が!!
文通希望の手紙が入った小瓶（別嬪さんの写真付き）を海岸で拾った新八。だがその写真にはある秘密が…。さらに新八が書いた返事に、銀さん＆真選組の3人が添削を始めちゃって!? ジャンプSQ.掲載の傑作「13」も収録!!
万事屋一行が訪れた山奥の秘湯。だが一行を出迎えたのは極楽の湯ではなく、極楽に行くことのできない死霊たちだった。雪で山道も塞がれた陸の孤島で阿鼻叫喚の惨劇が！ 他にも脱獄の続きとか元万事屋メンバーとか。
倉に引きこもった、極道の組長の一人息子を連れ出すため、倉の扉を開けた銀時。だが中には別の人物が！ 更に突然、組の若頭が銀時に刃を向け…!? 他にも寿司屋長谷川とか謎のタマ菌とか宇宙人狩りとか桂の脱獄とか!!
竜宮城へ向かう船が難破し、無人島へと流れついた万事屋一行。そこで見つけた謎の「箱」に触れ、突如銀時と桂が老人と化す！ 「箱」に隠された竜宮城の陰謀とは…!? 他にも機械メイドの休日とか極道の真白い粉（？）も必見!!
高杉一派の策略により、真選組掌握という伊東の野望は砕かれた。そして事態は更なる大混乱へ!? 真選組動乱編完結!! 他にも山崎の葬式とか銀さんの漫画指南とか救世主の星海坊主とか神楽の乙女心とか竜宮城の亀とか!!
武装警察真選組に大波乱が勃発!! 持ち主の魂を喰らうといわれる妖刀を手にした土方に異変が起こり…!? さらにその最中、真選組に新たに加わったある男が、真選組の存続にも関わる大事件を…！ 果たして真選組に未来は!?
万事屋VS真選組のゲーム対決最終戦は、仮想現実世界でのRPG対決!! 意外な武器が勝負を決める事に!? 他にも洞爺湖の仙人的なオジさんとかウルトラなヒーローとかマダオ裁判の弁護人銀時とか断食道場本気闘争とか！