虚を星芒教から救うため死闘を繰り広げる銀時たち。江戸の住民も、これまで繋がれてきた絆を武器に一歩も退かぬ覚悟を見せる｡一方､虚の肉体は完全体へと近づき!? 江戸、万事屋の運命は!? 『銀魂』ここに完結!!
師である虚を救いたいという同じ気持ちを持ちながらも、バラバラの道を行く銀時、高杉、桂。そんな中、江戸のターミナルが爆破され、総理大臣・桂暗殺の報せが流れる。首謀者は、天導衆の残党か!? それとも…!?
得体の知れぬ者たちから執拗に追われる銀時。その懐には、追っ手がなりふり構わず奪い取ろうとする代物が…。行方を暗ませていた二年間、銀時の身に起きた人智を越えた出来事と、その時手に入れたモノとは!?
剣を持つ者も、持たざる者も、すべての者が己を犠牲に戦う姿に虚の感情は揺らぎ始める。そして龍脈の反応が消失し、銀時らの刃が虚を追い詰め!? 長き死闘に決着の時が訪れる!! はたして地球の運命は!?
制御を失い地球に向かって落ち続ける天鳥船。暴走するアルタナと船との衝突を阻もうと抗う者たちを信じ、長谷川が思わぬ手段に!? 地球の終焉が迫る中、地上では万事屋たちの眼前で虚にある変化が起き…!?
圓翔と高杉。常に戦場に身を投じてきた者同士、剣を交えた先に待つのは、さらなる復讐の連鎖か、それとも!? 一方、地上では龍脈の暴走を止めようと、ある者たちが奔走していた。定春もなにやら単独行動に!?
地球中のアルタナと解放軍の破壊兵器をぶつけ、その衝撃で地球もろとも全てを消し去ろうと目論む虚。解放軍からの発射を阻止するため、鬼兵隊が命を賭した戦いを繰り広げる中、壮絶な最期を遂げる者が…!?
地球侵入を阻むナノマシンウイルスを止めさせるため、開発者の源外を攫った解放軍。源外が拒めぬよう、一撃で星を消し去る破壊兵器が地球を捉える中、地球存亡のため戦う者たちの前に、思わぬ援軍が現れ!?
源外の巨砲で受けたダメージ回復のため、お妙らを人質に開発者の行方を追う辰羅。一筋縄ではいかないかぶき町の住人たちに業を煮やし、人質たちを手に掛けようとしたその時、“かぶき町の番人”が舞い戻り!?
上空、地上ともに解放軍が圧倒的戦力で侵攻してくる中、旧幕府軍を中心に必死に応戦する江戸の面々。さらに源外がある目的のために作り上げた、未曾有の“兵器”が威力を発揮する。万事屋金ちゃんも再登場！
虚が引き起こした宇宙規模の戦いを止めるため、徳川喜々が解放軍との交渉に臨む。果たしてその成果は!? 一方、虚が解き放った不死者の軍勢が江戸に蔓延り、戦況は危機的な状況に…。だがその時、彼等が再び!!
松陽とその一番弟子、朧から始まった松下村塾。その後、松陽の元を離れ奈落首領として生きた朧の口から、虚が目論む恐るべき計画が語られる。無限に続く自らの運命に終止符を打つため、虚が選んだ手段とは!?
家族を護るため虚との死闘を演じる星海坊主。虚を葬るべく、星海坊主が自らの命と引き替えに放った秘策は!? 一方、父が持つ“最強”の称号を追い求めてきた神威。彼の中に宿る夜兎の本能が、突如目を醒まし!?
春雨、星海坊主、銀時らが入り乱れて闘いを繰り広げる烙陽で、ついにあの男が目を覚まし…!? 神威と星海坊主による親子喧嘩も勃発!! 神楽と神威の両親の出会い、さらに一家の知られざるエピソードも明らかに!!
春雨の三凶星と恐れられる強者たちとの戦いを余儀なくされる桂、坂本、銀時。桂は、豪腕を誇る第四師団団長と、剣での一騎打ちに。坂本、銀時も侍の矜恃を胸に、死闘を繰り広げる。で…表側の人、誰？（答えは本編に！）
春雨に裏切られ鬼兵隊と第七師団は窮地に陥り、高杉、神威が行方不明に。一方、春雨の力をも掌握しようとする虚。かつての仲間のため、宇宙で最も危険な存在と化した師と対峙するため、弟子達は集結する!!
銀時の一撃により仮面の下から晒された“虚”の素顔は、この世にいるはずのないあの人と同じで…!? あらゆる勢力が入り乱れ、島からの脱出が難しくなる中、最後まで護るべき者の為に戦う近藤と佐々木が相見え!?
黒縄島に乗り込んだ銀時らは、待ち受けていた奈落と激闘を繰り広げる。一方、近藤・桂の行く手を阻む佐々木には、天導衆との深き因縁が…。彼の企てにより戦況は急転。そんな中、奈落最強の“死神”が現れ!?
新たに将軍の座についた喜々が、前将軍派に対する粛清を開始。それにより真選組は解散、局長の近藤と警察トップの松平には斬首が言い渡される。近藤は銀時に思いを託し、隊士たちへの自制を呼びかけるが!?
亡き師への思いを背負い、剣をぶつけ合う銀時と高杉。死闘の末、雌雄決するかと思われたその時、凶刃が!? 将軍暗殺を巡る騒乱は、将軍派が夜兎に押し込まれ窮地に陥る中、陰の存在の出現により急転を迎え…!?