Daigo Kagemitsu es un temible samurai que entrego su futuro hijo a cuarenta y ocho demonios, a cambio de ver cumplido su sueno de conquistar el pais. Al cabo del tiempo, nacio un nino deforme, al que faltaban cuarenta y ocho partes de su cuerpo. Su ambicioso padre lo arrojo al rio, pero el pequeno logro sobrevivir y, con el tiempo, convertirse en un diestro espadachin llamado Hyakkimaru, «pequeno monstruo».
Anos despues, con la ayuda del joven y avispado Dororo, quien afirma ser el mejor ladron...