Сюжет произведения основан на событиях эпохи Бакумацу.
В середине девятнадцатого века состоялся первый контакт с пришельцами — в Японии приземлились чёрные корабли инопланетян аманто. Они прибыли на Землю с целью её захвата. Мечи самураев и ружья асигару оказались бессильны против технологий будущего, и сёгунат подчинился власти аманто. Сопротивляется власти захватчиков лишь патриотически настроенная группировка Джои; когда-то Джои стояла во главе национального движения, однако теперь она выродилась в террористическую организацию, чьи члены активно преследуются сёгунатом и Шинсэнгуми.
Гинтоки Саката, один из бывших лидеров Джои, а ныне — просто мастер на все руки, пытается найти в новом Эдо источник заработка, периодически сталкиваясь с Шинсэнгуми, пиратами Харусамэ и членами Джои, чьим нынешним лидерам не даёт покоя его предательство. Вместе со своими спутниками Шимпачи Шимурой и Кагурой он не раз попадает в опасные ситуации, из которых нередко выкручивается с помощью друзей и изворотливости.