Когда Миллер в 1953 году проводил свой эксперимент, имеющий такое значение, большинство ученых все еще разделяли веру Дарвина в то, что протеины — наиболее вероятные кандидаты на роль самовоспроизводящихся молекул, поскольку думали, что протеины способны воспроизводиться и самоорганизовываться. После обнаружения того, что ДНК является основой генетической передачи и синтеза протеинов, многие исследователи стали отдавать предпочтение нуклеиновым кислотам, а не протеинам как первичным молекулам. Но в этом сценарии было огромное «но». ДНК не может делать ни протеины, ни копии себя без помощи каталитических протеинов, называемых ферментами. Этот факт повернул происхождение жизни к классической проблеме: «Что было раньше — курица или яйцо?» Так что было раньше — протеины или ДНК?
В «Приходе золотого века» Гюнтер Стент, наделенный даром предвидения, предположил, что эта головоломка может быть решена, если исследователи найдут самокопирующуюся молекулу, которая сама себе может служить катализатором. В начале восьмидесятых годов исследователи идентифицировали как раз такую молекулу — рибонуклеиновую кислоту, или РНК. Это молекулы, состоящие из одной нити и служащие помощниками ДНК в производстве протеинов. Эксперименты показали, что определенные типы РНК могут выступать как свои собственные ферменты, «разрезая» себя на две части и снова воссоединяясь. Если РНК может действовать как фермент, то она может быть способной копировать себя без помощи протеинов. РНК может служить и как ген, и как катализатор — курица и яйцо.
Но так называемая РНК-гипотеза имеет несколько проблем. РНК и ее компоненты трудно синтезировать при самых лучших условиях, в лаборатории, не говоря уже о вероятных предбиологических условиях. После того как РНК синтезирована, она может делать новые копии себя только при усиленной химической помощи со стороны ученого. Происхождение жизни «должно протекать в очень простых условиях, а не сугубо специальных», сказал Миллер. Он уверен, что путь РНК проложила какая-то более простая и, возможно, достаточно несходная молекула.
Линн Маргулис, например, сомневается, дадут ли исследования происхождения жизни тот простой, самодостаточный ответ, о котором мечтает Миллер.
— Я думаю, что это может быть правдой относительно причины рака, но не происхождения жизни, — сказала Маргулис. Жизнь, отметила она, возникла в сложных условиях окружающей среды. — У нас есть день и ночь, зима и лето, изменения температуры, изменения влажности. Эти вещи — исторические накопления. Биохимические системы — это фактически исторические накопления. Так что я не думаю, что кто-нибудь найдет действительный рецепт жизни: добавь воды, перемешай и получишь жизнь. Это не процесс, состоящий из одного шага. Это процесс накопления, который включает массу изменений. Самая маленькая бактерия, — подчеркнула она, — гораздо более похожа на человека, чем смеси химикатов Стенли Миллера, потому что у нее уже есть свойства этой системы. Так что перейти от бактерии к человеку — это меньший шаг, чем перейти от смеси аминокислот к этой бактерии.