Спокойной ночи, Пунпун

Пунпун в манге изображён в виде карикатурного голубя, чтобы читатель мог идентифицировать себя с персонажем, не отвлекаясь на его внешность. Также такое изображение помогает удивить неподозревающего читателя, который при первом чтении может посчитать, что это милая история. Карикатурой он представляется только читателям, а персонажи видят его как обычного человека. При этом Асано никогда не делал человеческий дизайн Пунпуна.

В манге много символизма. Например, в первой главе есть сцена, где Пунупун с отцом смотрят в телескоп и наблюдают летне-осенний треугольник, состоящий из трёх звёзд: Веги, Альтаира и Денеба. В японской мифологии звезду Вега олицетворяет принцесса Орихимэ, а Альтаира — коровий пастух Хикобоси, которые полюбили друг друга. С добавлением Денеба звёзды образуют уже летне-осенний треугольник, что создаёт аллегорию на любовный треугольник Пунпуна, Айко и Сати в будущем, где Пунпун — это Хикобоси. В одиннадцатом томе автор вновь намекает на это, изобразив Пунпуна с бычьими рожками.

Это не единственный случай трансформации Пунпуна в манге. В некоторых моментах он также был нарисован как тетраэдр или в маске хёттоко. Со слов Асано, за этими изображениями нет скрытого значения: «Манга представляет собой смесь вещей, что имеют смысл или совершенно не имеют».

После того, как его редактор отверг идею о создании боевой фэнтезийной манги, действие которой разворачивалось на горячем источнике, Инио начал поиск новой истории. В желании вырваться из роли создателя позитивной молодёжной манги, он придумал историю о Пунпуне, на дизайн для которого его вдохновили собственные каракули.

Манга первоначально задумывалась как романтическая история с поворотным моментом, в котором двадцатилетний Пунпун совершает убийство, после чего им с Айко пришлось бы бежать, и сюжет развивался бы по концепции роуд-муви. Выбирая концовку, Асано сперва склонялся к идее, где ребёнок Сати падает с железнодорожной платформы и, спасая его, Пунпун погибает. Однако автор решил, что это слишком «хорошая» концовка. Желая наиболее худшего окончания истории для героя, он оставил его в живых, считая, что «жить труднее, чем умереть».

Асано планировал нарисовать мангу в семь томов, однако в итоге их вышло тринадцать, а работа над мангой продлилась почти семь лет. Сюжет увеличился из-за добавления новых персонажей и их историй. Например, Сэки, Симидзу и Пегаса автор придумал уже в ходе работы над мангой. Также некоторым героям он уделил больше внимания, чем рассчитывал изначально. Например, сюжетная линия дяди Пунпуна или частое появление Бога.

Сначала манга публиковалась в журнале Weekly Young Sunday и после его закрытия перекочевала в Big Comic Spirits.