В 2099 году Мигель О’Хара получил паучьи способности в результате сорванного эксперимента в лаборатории “Алкемакс”, злобной корпорации, которая пыталась создать супер-солдат. Мигель боролся с компанией с тех самых пор, как узнал об их истинных мотивах, пока не застрял в настоящем! Но здесь, “Алкемакс”, зловещая корпорация из будущего, только начинает свой путь, и у Мигеля есть шанс остановить ее разложение прежде, чем оно успеет начаться! Однако Человек-Паук 2099 вскоре узнает, что он не единств...