Отсутствие рукописи и авторской датировки не позволяют точно определить время работы Салтыкова над "Запутанным делом". Упоминающиеся в повести газетно-журнальная полемика "об эмансипации животных", слухи об эпидемии холеры и недовольстве петербургских извозчиков относятся к сентябрю 1847 — январю 1848 года, когда "Запутанное дело" и было, очевидно, написано. В начале 1848 года Салтыков прочел только что законченную повесть В. Е. Канкрину, который "был в восторге от нее". Воспользовавшись дружескими связями с И. И. Панаевым, Канкрин передал рукопись в «Современник». Панаев, познакомившись с нею, отклонил повесть Салтыкова, мотивируя отказ цензурными затруднениями. "Запутанное дело" было принято редакцией "Отечественных записок".

В 1863 году Салтыков-Щедрин включил "Запутанное дело" в сборник "Невинные рассказы", значительно сократив текст повести и стилистически выправив его (см. т. 3 наст. изд.). Учитывая, что в 1848 году повести ставились в вину "полутаинственные намеки", сатирик счел их небезопасными и в обстановке цензурных гонений 1863 года. Писатель устранил в большинстве случаев раскатистое «р-р-р» Беобахтера — своеобразный сатирический намек на «революционаризм» этого персонажа ; снял многократные описания угрожающе-энергического жеста пассажира "с надвинутыми бровями", сократил рассуждение о «резиньясьйон» французской нации ; убрал рассказ "сына природы", потерпевшего за свою откровенность, намек Пережиги на случай с заживо зарытым исправником.

Однако большинство купюр — изъятие повторений, длиннот, натуралистических деталей — следует отнести за счет возросшего мастерства. В тексте 1863 года отсутствуют предупреждение Самойлы Петровича об «актерках» и авторский комментарий к нему, сцена ежедневного осмотра Пережигой дохлой кошки, рассказ «венгерки» о наследственной склонности к потению и др.

Несмотря на большую правку, "Запутанное дело" и в редакции 1863 года осталось во многом типичной повестью сороковых годов, сохранив характерные особенности мировоззрения молодого Салтыкова. Подготавливая к печати второе и третье издания "Невинных рассказов" (1881, 1885) и первое собрание сочинений (1889), Салтыков-Щедрин продолжал работать над "Запутанным делом", совершенствуя его в стилистическом отношении. Но значительных сокращений и изменений, по сравнению с правкой 1863 года, сделано не было.

"Запутанное дело", наделавшее, по свидетельству Чернышевского, "большого шума" в сороковые годы, продолжало "возбуждать интерес в людях молодого поколения". В середине пятидесятых годов Добролюбов, наряду с повестью Герцена "Кто виноват?", пытался пропагандировать среди молодежи и произведение Салтыкова, разъяснив причины и значение успеха "Запутанного дела" у демократического читателя в статье "Забитые люди". "Ни в одном из "Губернских очерков" его не нашли мы в такой степени живого, до боли сердечной прочувствованного отношения к бедному человечеству, как в его "Запутанном деле", напечатанном 12 лет тому назад. Видно, что тогда были другие годы, другие силы, другие идеалы. То было направление живое и действенное, направление истинно гуманическое, не сбитое и не расслабленное разными юридическими и экономическими сентенциями, и, если бы продолжалось это направление, оно, без сомнения, было бы плодотворнее всех, за ним последовавших". Противопоставляя "Запутанное дело" либеральной обличительной беллетристике, Добролюбов утверждал далее, что повесть Салтыкова не только указывала основной источник зла, но и пробуждала "мужественную мысль" о борьбе с ним.

Весь комплекс общественно психологических проблем "Запутанного дела" неразрывно связан с напряженной обстановкой второй половины сороковых годов, когда вопрос "о судьбе низших классов" стал одним из "самых важных вопросов современности".

В истолковании житейской философии "бедного человека" Салтыков вновь перекликался с Милютиным, который анализировал не только экономическую, но и нравственную природу «пауперизма», чтобы "дать истинное понятие о действительной глубине этой общественной раны". "Если бедный, — подчеркивал Милютин, — повсюду видит вокруг себя достаток, изобилие и даже роскошь, то сравнение своей судьбы с судьбою других людей должно естественно еще более усиливать его мучения и к страданиям физическим прибавлять страдания нравственные".

Именно эти трагические контрасты — источник горестных раздумий Мичулина, воплощенных и в его аллегорических снах. Сила обличения социального неравенства возрастает с каждым новым видением Мичулина.

Первый сон Мичулина о неожиданном превращении в "баловня фортуны", несмотря на печальную развязку, выдержан в гоголевских, сочувственно насмешливых тонах. Второй сон по существу был развернутой иллюстрацией к скорбным раздумьям Нагибина относительно участи бедняка, решившегося иметь семью. Переосмыслив сюжет некрасовского стихотворения "Еду ли ночью по улице темной", Салтыков нарисовал картину, "полную жгучего, непереносимого отчаяния", усилив обличение и протест введением аллегорического мотива "жадных волков", которых "надо убить" — "всех до одного".

Эти мрачные видения завершает образ социальной пирамиды, символизирующей задавленность, бесправие, "умственный пауперизм", "нравственную нищету" угнетенных масс, олицетворяемых Мичулиным, голова которого была "так изуродована тяготевшей над нею тяжестью, что лишилась даже признаков своего человеческого характера".

В изображении Мичулина Салтыков шел от традиционных представлений о "маленьком человеке", сложившихся под влиянием Гоголя и Достоевского. К гоголевским повестям восходил в "Запутанном деле" эпизод с украденной шинелью, описание смерти Мичулина, первый сон его, ощутимо перекликающийся с грезами Пискарева, характеристика Петербурга с его безобразной нищетой и безумной роскошью. Однако Салтыков не повторил Гоголя; его Мичулин был своеобразным синтезом обездоленного "бедного человека" и рефлектирующею философа типа Нагибина. Это был тот самый "бедный человек", в котором «образованность», по словам Милютина, "развила сознание собственного достоинства и множество самых разнообразных потребностей". Мичулин пытается осмыслить свое "бедственное положение" и найти какие-то выходы из «обстоятельств», которые "так плохи, так плохи, что просто хоть в воду".

Существенно отличается Мичулин и от "бедных людей" Достоевского, хотя, по сравнению с "маленьким человеком" Гоголя, герой "Запутанного дела" гораздо ближе к рассуждающим Девушкину или Голядкину, нежели к безмолвно покорному Башмачкину. Салтыков стремился показать в "Запутанном деле" сложность душевного мира бедняка с его "внешней робостью" и "скрытой амбицией", его "ропотом и либеральными мыслями", "выражающими протест личности против внешнего насильственного давления". Однако характер протеста в повести Салтыкова значительно отличается от позиции Достоевского с его широким толкованием гуманизма, лишенным той суровой непримиримости, которая была присуща "Запутанному делу". Сцена столкновения Мичулина с "нужным человеком", напоминающим гоголевское "значительное лицо" (ср. "Шинель"), контрастировала с идиллическим описанием встречи "преданного начальству" Девушкина с "его превосходительством", который не только «пожалел» несчастного чиновника и помог ему деньгами, но, по словам Макара Алексеевича, — "сами мне, соломе, пьянице, руку мою недостойную пожать изволили" ("Бедные люди", 1846).

Анализ угнетенной психики Мичулина был подчинен Салтыковым осмыслению и «исследованию» социальной действительности, отражением и следствием которой была «больная» душа Мичулина, измученного размышлениями о "смысле и значении жизни, о конечных причинах и так далее". Мичулин в сущности, решал те же "проклятые вопросы", которые задавал Валинскому Нагибин в повести «Противоречия», требуя объяснения, "отчего бы это одни в каретах ездят, а мы с вами пешком по грязи ходим".

Но теперь герой Салтыкова напряженно ищет возможности действовать, чтобы по крайней мере не умереть с голода. В отчаянии он даже решается нарушить "отцовский кодекс" "смиренномудрия, терпения и любви", вступая в гневные пререкания с "нужным человеком". Однако попытки Мичулина найти "свою роль" в жизни кончались плачевно — "для него нет места, нет, нет и нет".

Одним из объектов критики Салтыкова явились характерные для учений утопических социалистов представления о возможности утверждения справедливого общественного строя путем пропаганды этических идеалов, в частности христианской заповеди о любви к ближнему. "Самое общество", — заявлял, например, Петрашевский вслед за Сен-Симоном и Фейербахом на страницах "Карманного словаря иностранных слов", — должно стать "практическим осуществлением завета братской любви и общения, оставленного нам спасителем одним словом, чтоб каждый сознательно полюбил ближнего, как самого себя".

Ироническая тема "распростертых объятий" проходит через всю повесть, начиная от намека на "истину насчет распростертых объятий", мерещившуюся отцу Мичулина, и кончая встречей Ивана Самойлыча с "сыном природы", предложившим "соединиться в одни общие объятия".

Ядовитый шарж на теоретиков мечтательной «любви» к человечеству" и «объятий» дан в образе поэта Алексиса Звонского.

По предположению П. Н. Сакулина, Салтыков использовал для сатирической характеристики Звонского некоторые детали из биографии поэта-петрашевца А. Н. Плещеева с его "анонимной восторженностью" и "социальной грустью". К этой гипотезе присоединился В. И. Семевский, указав, что "недоросль из дворян" Звонский, подобно Плещееву, не кончил университетского курса и публиковал фельетоны в газетах.

С не меньшей иронией очерчен в повести образ друга Звонского — "кандидата философии" Вольфганга Антоныча Беобахтера (по-немецки — наблюдатель), "непременно требовавшего ррразрушения" и намекавшего "крошечным движением руки сверху вниз" на падение ножа гильотины. По мнению В. И. Семевского, такие крайние мнения, как Беобахтер, из всех петрашевцев мог выражать Н. А. Спешнев, с которым Салтыков встречался на «пятницах» Петрашевского. Сторонник "немедленного восстания", Спешнев, путешествуя по Европе, специально изучал историю и опыт тайных обществ (например, Бланки, Барбеса) с целью организации революционного переворота в России.

Призывы к восстанию и революционному террору в условиях русской действительности сороковых годов казались Салтыкову столь же утопическими, как и воззвания к «всеобщей» любви, поэтому он прямо указывал, что «разногласия» между Беобахтером и Звонским "только в подробностях", а "в главном они оба держатся одних и тех же принципов", оставаясь в пределах созерцательной теории. Как и Звонский, Беобахтер оказался совершенно бессильным перед "запутанным делом" Мичулина, порекомендовав ему, вместо действительной помощи, "крохотную книжонку из тех, что в Париже, как грибы в дождливое лето, нарождаются тысячами".

К сознанию общественной несправедливости и стихийному протесту Мичулин пришел под воздействием самой жизни, а не книжных представлений о ней. Убедившись на практике, что "безмолвное склонение головы" грозит голодной смертью, Мичулин начинает задумываться над "образом мыслей Беобахтера". С особенной силой эти настроения овладели Мичулиным в театре, когда, под влиянием героической музыки, ему грезились "обаятельный дым" восстания и возмущенная толпа, которую он хотел бы видеть в действительности. Облекая «бунтарские» мысли Мичулина в форму сна, грез, бреда, Салтыков подчерчивал смутность и неопределенность его вольнолюбивых намерений, оттеняя их призрачность ироническим описанием обитателей «гарнира» и неожиданных союзников Мичулина, ограбивших его после уверений в "любви и братстве". Самой гибелью Мичулина, так и не решившего вопрос о своем "жизненном назначении", Салтыков еще раз указывал, что дело мичулиных остается пока «запутанным», и пробуждал мысль о необходимости коренных изменений в положении "страдающего человечества"

Во второй своей повести Салтыков глубже усвоил идейно-эстетические принципы "натуральной школы". Вместо "затейливых силлогизмов" и отвлеченных рассуждении Нагибина насчет А, В и С, "спокойно и без труда наслаждающихся жизнью", в "Запутанном деле" предстают совершенно конкретные колоритные фигуры, выписанные в резкообличительных тонах. Владельцы "щегольских дрожек", раздражительный "нужный человек", грозный «набольший», сердитый Бородавкин, «угрюмый» приказчик и старый волокита из мичулинских снов — все они, с разных сторон, демонстрировали непримиримость социальных противоречий в формах жизни действительной.

Острота проблематики, антикрепостническая направленность (см. рассказы Пережиги о жестоком обращении с крепостными и расправе крестьян над исправником), насыщенность политически смелыми реминисценциями из прогрессивной философской и социально-экономической литературы (см. намеки на отрицание бога Фейербахом, споры Беобахтера и Звонского, эзоповское описание разговора в карете) сразу привлекли к повести Салтыкова внимание и передовых и консервативных кругов русской общественности.

"Не могу надивиться глупости цензоров, пропускающих подобные сочинения, — писал П. А. Плетнев 27 марта 1848 года, еще не дочитав до конца "Запутанного дела". — Тут ничего больше не доказывается, как необходимость гильотины для всех богатых и знатных".

"Разрушительный дух повести" встревожил сотрудников III Отделения, один из которых (М. Гедеонов) составил специальную записку о "Запутанном деле". "Богатство и почести, — писал секретный цензор III Отделения, определяя "общий смысл" повести, — в руках людей недостойных, которых следует убить всех до одного. Каким образом уравнять богатство? Не карательною ли машиною кандидата Беобахтера, то есть гильотиною? Этот вопрос, которым дышит вся повесть, не разрешен сочинителем, а потому именно объясняется заглавие повести "Запутанное дело".

"Среди всеобщей паники" в связи с французской революцией "Запутанное дело" и «Сорока-воровка» Герцена, по словам М. Н. Лонгинова, "сделались поводами к уголовной процедуре над литературой". Салтыков был арестован властями и по решению Николая I сослан в Вятку как автор повестей, — речь шла и о «Противоречиях», — "все изложение" которых "обнаруживает вредный образ мыслей и пагубное стремление к распространению идей, потрясших уже всю Западною Европу и ниспровергших власти и общественное спокойствие".

Радикальная молодежь, возбужденная революционными событиями во Франции, увидела в "Запутанном деле" прямой выпад против самодержавно-крепостнического строя. В кружке И. И. Введенского, куда входили Чернышевский, Благосветлов и др., "очень хорошо знали и близко принимали к сердцу ссылку Салтыкова".

Трагический образ "пирамиды из людей" был воспринят в передовых кругах как выступление Салтыкова против самодержавно-крепостнического строя, наверху которого "стоит император Николай и давит одних людей другими".