В Нью-Йорке возникает террористическая угроза, когда таинственный незнакомец сообщает в телеэфире, что готов уничтожить любое здание в городе. Злодеем оказывается преуспевающий учёный Бакстер Стокман, создавший уникальных механических роботов "Маузеров" и совершающий с их помощью успешные ограбления банков.
Помощница Бакстера Эйприп О'Нил раскрывает план учёного и становится новой мишенью для Маузеров. К счастью, ей на помощь приходят Черепашки-Ниндзя! Вместе они пробираются в подземную лабора...