Новгородская трагедия нагляднее, чем любая другая страница русской истории 1565–1572 гг., показала противоречивую сущность, заложенную в опричнине еще при ее создании. Задачу завершения централизации государственного аппарата правительство Ивана Грозного хотело осуществить старыми методами, возвращаясь к формам дворцово-вотчинного управления. Ликвидировав удел князя Владимира Старицкого, покончив с остатками новгородских вольностей и добившись полного подчинения церкви государству, опричнина Ивана Грозного выполнила свои основные задачи. Дальнейшее ее существование теряло уже всякий исторический смысл. К тому же в ходе новгородского погрома особенно ярко вскрылось опасное явление — опричное войско все более и более перерождалось в разнузданную гвардию янычар, живших грабежом и убийствами мирного населения. Казалось бы, сбылась мечта Ивана Семеновича Пересветова, видевшего в «янычарах» Магмета-Салтана, «гораздых стрелцов огненыя стрелбы», тот образец нового войска, которое будет верной опорой царя в борьбе с внешними и внутренними врагами. Пересветов мечтал, чтобы «воиников» отбирали лишь на основании их личных качеств, в первую очередь храбрости и мудрости.
На практике получилось совсем иное. В опричном войске ценились не столько храбрость и мудрость, сколько жестокость и угодничество. Строгая дисциплина постепенно заменялась своеволием каждого опричника. Вместо «правого суда» воцарилось полное беззаконие. Истребление действительных врагов московского государя сочеталось с преследованием в своекорыстных целях множества людей, не причастных ни к каким заговорам и мятежам.