Несомненно, Локк высоко оценивал важность философии Декарта, которая развенчала философию Аристотеля и положила конец многовековому господству догматичной схоластики.
Его также восхищал метод Декарта. Для того чтобы докопаться до бесспорной истины, Декарт подверг сомнению очевидность своих ощущений и даже своих мыслительных процессов. Знание, полученное из таких источников, никогда не будет абсолютно определённым, поскольку как наши чувства, так и наш разум могут нас обманывать.
Как можем мы быть абсолютно уверенными в том, что нам не снится сон, или в том, что увиденное нами — не мираж? Когда мы получаем математический ответ, всегда существует вероятность того, что в наших предыдущих вычислениях была допущена ошибка. Подвергнув всё сомнению, Декарт пришёл к своему знаменитому выводу: «Cogito ergo sum» (Мыслю, следовательно, существую). Только это определённо. Затем, на основании этого утверждения, он воссоздал более определённый мир посредством разума и дедукции. Локк признавал, что метод Декарта покончил со многими общепринятыми понятиями и предубеждениями, однако он критически оценивал этот метод с позиции науки. Локк не принимал разумность и дедукцию Декарта в качестве метода поиска истины о мире. По мнению Локка, истина может быть достигнута только посредством индукции: научного метода.
Точку зрения Локка подкрепил французский мыслитель Пьер Гассенди, один из самых рьяных критиков Декарта. Гассенди был не лишённым способностей математиком, но именно ему удалось невозможное.
Дело в том, что Гассенди успешно совмещал профессии священника, философа и учёного.
Будучи философом, он стоял на позициях эпикуреизма (который не верит в жизнь после смерти); будучи учёным, он первым наблюдал обращение Меркурия вокруг Солнца (в то время как Гассенди-священник по-прежнему утверждал, что Солнце и планеты вращаются вокруг Земли). Можно только удивляться, как Гассенди, занимавшему пост католического священника, удавалось поместить своё убеждение об истинности вращения планет вокруг Солнца в рамки католической ортодоксии.
Гассенди утверждал, что любое знание имеет в своей основе чувственное восприятие. Это утверждение было для Локка настолько же определяющим, как для Декарта вывод «мыслю»: оно стало тем базисом, на котором Локк построил свою философскую систему.
Локк никогда не признавал, что он обязан Гассенди, что было весьма для него характерно. На протяжении всей своей жизни Локк оставался чрезвычайно замкнутым человеком. В своих записных книжках он пользовался зашифрованными стенографическими записями, а также различными непонятными кодами. Когда он получал письма, то обычно зачеркивал все имена и названия.