После войны Аникеева назначили одним из руководителей «Проблемы» — так называлась тогда работа над атомной бомбой. Ему подчинялась группа институтов и заводов.
Он связывался непосредственно с министрами. Великолепно зная себе цену, он держался независимо и делал так, как считал нужным, не считаясь ни с чьими распоряжениями, даже с указаниями Берия. Безграмотные, порой губительные вмешательства Берия выводили Аникеева из себя. Согласно одной из легенд, выслушав очередное крикливое поучение, Аникеев не выдержал и сказал: «Я ваших трудов по физике не читал. И вы моих тоже. Однако по разным причинам». — «Я тебе покажу физику, ты у меня увидишь физику», — сказал Берия.
Аникеев тут же написал письмо в ЦК, требуя оградить проблему от невежественного хозяйничанья Берия. В те времена подобный вызов был равносилен самоубийству.
От немедленной расправы Аникеева спасло то, что он был слишком известен и нужен. Все же по приказу Берия его отстранили от проблемы и перевели на Север, в педагогический институт. Атомники доказывали, что без Аникеева нельзя, особенно сейчас, в период пуска объектов. Все было напрасно.
Его друг Лихов, который должен был принять дела, сказал ему с горечью:
— Я же тебя предупреждал, вот тебе и вся награда за твое правдолюбие. Чего ты добился? Только делу повредил.
— Дело не пострадает, — сказал Аникеев. — Я не уеду, пока не пустим объекты.
Со своим шальным характером он остался, живя чуть ли не на нелегальном положении, продолжал руководить пусковыми работами. На этот раз он действительно рисковал головой. Начальство делало вид, что не замечает его присутствия. После того как объекты были успешно пущены, он уехал на Север.